Có dư luận cho rằng toàn bộ hai phần thác Bản Giốc vốn thuộc về Việt Nam và đã bị mất cho Trung Quốc. Thứ trưởng Bộ ngoại giao Việt Nam Vũ Dũng khẳng định rằng thông tin đó hoàn toàn không có cơ sở, rằng Công ước Pháp-Thanh 1887 và Hiệp định 1999 đều quy định đường biên giới khu vực này chạy theo trung tuyến dòng chảy sông Quế Sơn (Quây Sơn), lên thác và tới mốc 53 phía trên. Nghĩa là, phần thác phụ hoàn toàn nằm bên phía Việt Nam, phần thác chính có một phần thuộc Trung Quốc.[13]

Trong Biên bản phân giới cắm mốc giữa Pháp và nhà Thanh ngày 31/5/1892 ghi rõ "Từ điểm này, đường biên giới chạy theo chính giữa (trung tuyến) dòng sông cho đến thác Ta Tung". Do cùng căn cứ vào lời văn mô tả này nên khi vẽ đường biên giới chủ trương Việt Nam và Trung Quốc đều vẽ trùng nhau, từ giữa dòng sông Quây Sơn đến chính giữa ngọn thác chính. Hai bên chỉ tranh chấp ở phần phía trên đỉnh thác, nơi có hai dòng chảy ôm lấy cồn Pò Đon (Pò Thoong) mà cả Việt Nam lẫn Trung Quốc đều muốn nhận là lãnh thổ của mình. Nguyên nhân tranh chấp là do trong Công ước Pháp Thanh 1887 và 1895, cùng những biên bản bản đồ kèm theo không mô tả cụ thể khu vực này. Cuối cùng, năm 2008, Việt Nam và Trung Quốc đồng ý đường biên giới từ mốc 53 cũ đi qua cồn Pò Thoong, rồi đi tiếp đến chính giữa mặt thác chính của thác Bản Giốc, sau đó đi theo trung tuyến của dòng chảy chính của sông Quây Sơn. Như vậy, 1/2 thác chính của Bản Giốc cùng toàn bộ phần thác phụ và một 1/4 cồn Pò Thoong thuộc về Việt Nam, trong khi nếu theo nguyên tắc quốc tế thì toàn bộ cồn này phải thuộc về Trung Quốc vì dòng chảy chính nằm về phía Việt Nam.

Nhiều người nghi ngờ Việt Nam nhường thác cho Trung Quốc đã viện dẫn các tư liệu lịch sử, văn học, sách giáo khoa, thậm chí cả Sách Trắng của Bộ Ngoại giao công bố vào những năm 1970 để khẳng định rằng toàn bộ thác Bản Giốc là của Việt Nam. Nhưng những tư liệu mà họ nêu ra lại không phải là bộ phận của Công ước Pháp-Thanh 1887, Công ước Pháp-Thanh 1895 mà Việt Nam và Trung Quốc lấy làm căn cứ pháp lý duy nhất để đàm phán xác lập đường biên giới mới[14].